La formation doctorale est organisée au sein des Écoles Doctorales (ED). En Bourgogne Franche-Comté, elles sont placées sous la responsabilité du Collège Doctoral.

« Art. 3.-Sous la responsabilité des établissements accrédités, les écoles doctorales :

« 1° Mettent en œuvre une politique d’admission des doctorants en leur sein, fondée sur des critères explicites et publics,
informent les étudiants sur les conditions d’accès, les compétences requises, les financements susceptibles d’être obtenus,
la nature, la qualité et les taux d’activité professionnelle après l’obtention du doctorat. Elles participent à la recherche des
financements, en proposent l’attribution afin de permettre aux doctorants de préparer et de soutenir leur thèse dans les
meilleures conditions ;

« 2° Organisent et coordonnent les formations doctorales ;

« 3° Organisent les échanges scientifiques entre doctorants et avec la communauté scientifique ; proposent aux doctorants
des activités de formation favorisant l’interdisciplinarité et l’acquisition d’une culture scientifique élargie incluant la
connaissance du cadre international de la recherche ;

« 4° Veillent à ce que chaque doctorant reçoive une formation à l’éthique de la recherche et à l’intégrité scientifique ;

« 5° Sensibilisent les doctorants aux enjeux de la science ouverte et de la diffusion des travaux de recherche dans la
société pour renforcer les relations entre les scientifiques et les citoyens ;

« 6° Assurent une démarche qualité de la formation en mettant notamment en place des comités de suivi individuel du
doctorant et proposent aux directeurs de thèse, codirecteurs de thèse et à toutes les personnes encadrant ou participant au
travail du doctorant une formation ou un accompagnement spécifique visant à prévenir toute forme de discrimination et de
violence ;

« 7° Définissent et mettent en œuvre des dispositifs d’appui à la poursuite du parcours professionnel après l’obtention du
doctorat dans les secteurs public et privé et organisent en lien avec les services des établissements concernés le suivi des
parcours professionnels des docteurs formés. Elles participent aux enquêtes nationales organisées par le ministère en
charge de l’enseignement supérieur et de la recherche ainsi qu’à l’élaboration du rapport mentionné au 11° de l’article L.
712-2 du code de l’éducation et en diffusent publiquement et en accès ouvert les résultats de leur périmètre ;

« 8° Contribuent à une ouverture européenne et internationale, dans le cadre d’actions de coopération conduites avec des
établissements d’enseignement supérieur ou des centres de recherche étrangers ;

« 9° Formulent un avis sur les demandes de rattachement d’unités ou d’équipes de recherche. »